Samantha Morton es hija de Pamela y Peter Morton, quienes se divorciaron cuando Samantha tenía solamente tres años. Por lo que se refiere a su carrera, a los 13 años se unió a la England's Central Junior Television Workshop. A los 16 años, se traslada a Londres donde actúa en el Royal Court Theatre y también trabaja de forma breve en algunas capítulos de la seria británica de televisión Cracker. En 1997, intervinene en series de televisión y en el telefilm sobre la novela de Charlotte Brontë, "Jane Eyre" (1997), en el que la actriz inglesa interpretaba a la protagonista. Después de trabajar en la serie Band of Gold, Samantha Morton salta a la gran pantalla en 1997 con Under the Skin de Carine Adler. Esta interpretación más alguna más posterior llamaría la atención a Woody Allen que la escogería para hacer un papel secundario en "Acordes y desacuerdos" (1999). Por este papel, Morton sería nominada al Óscar y al Globo de Oro como mejor actriz secundaria. A partir de ahí trabajó para Julian Temple en "Pandaemonium" (2000) o Steven Spielbergen "Minority Report" (2002). Precisamente en el 2002 ganó el galardón de la mejor actriz de la British Independent Film Award por su trabajo en Morvern Callar y al año siguiente volvió a ser nominada como mejor acriz principal por En América de Jim Sheridan.