El grupo no prosperó pero Rafael permaneció en la ciudad y dedicó su tiempo a modelar. Después ingresó a estudiar en el Centro de Educación Artística de Televisa, así tuvo la oportunidad de audicionar para luego formar parte de Garibaldi. Con éste grupo grabó dos discos Casado sabe más bueno (1999) y Punto G (2001). Rafael ha actuado en varias telenovelas de Televisa entre las cuales destaca Sin pecado concebido (2001), protagonizada por Angélica Riveray Carlos Ponce Por esta actuación fue nominado para los Premios Heraldo de México como "Revelación masculina" y para los Premios TVyNovelas en la misma categoría. Trabajó con la productora LuceroSuárez en dos telenovelas, primero un rol antagónico en Amar otra vez (2004) y después protagonizó Las dos caras de Ana (2006) con Ana Layevska Debutó en cine junto a Karyme Lozanoen la película Desnudos (2004) de Enrique Gómez Badillo, basada en la obra de teatro Cuatro equis. Compartió créditos con Ana de la Reguera y Gabriela Platas en la cinta Así del precipicio (2006) ópera prima de Teresa Suárez. Su interpretación de un personaje homosexual lo hizo ganar la Diosa de Plata (premio que otorgan los Periodistas Cinematográficos de México) como "Papel de cuadro masculino". En 2008 actuó en la película de bajo presupuesto Cáliz de Miguel Ángel Vega, la cual aborda el tema del secuestro. Después, compartió escena al lado de Silvia Navarroen la comedia romántica Amor letra por letra. Y protagonizó la película 24 cuadros de terror del director Christian González, que narra la historia de "Lady killer" un asesino serial de mujeres. Ése mismo año participó en tres series de televisión mexicanas: Los simuladores en el capítulo El pacto Copérnico, Mujeres asesinas en el capítulo Claudia cuchillera, el cual protagonizó NataliaEsperón, y en la segunda temporada de S.O.S. donde apareció en varios capítulos al lado de Luz María Zetina interpretando a un actor desempleado con tendencias suicidas. Rafael Amaya hizo una aparición especial en el video clip de la canción Lloro por ti de Enrique Iglesiasincluida en el disco 1 95/08. Formó parte de la puesta en escena Somos de Aída Andrade, basada en los persnajes de la película estadounidense El club de los cinco y su reencuentro algunos años después en un avión, con los actores Roberto Sosa, Vanessa Bauche Fabiola Campomanesy Luis Fernando Peña. En febrero de 2009 inició el rodaje de la película Rock Mari de Chava Cartas. También participó en dos cortometrajes El descubrimiento ( The finding) de Alonso Álvarez y Se jodió la navidad del director colombiano Carlos Lían, quien lo dirigió en la película para la televisión estadounidense La ruleta de los sueños con Alejandra Adame y Marianna Burelli. En septiembre se estrenó la cinta Me importas tú… y tú, un homenaje al cómico mexicano Tin Tan, la cual a pesar de contar con grandes actores no ha tenido buenas críticas. Espera el estreno de su primera película como productor Paco & Santo vs. America, protagonizada por Karyme Lozano En 2010 Protagoniza la Telenovela Niña de mi Corazòn, de Pedro Damian, la nueva version de Mi Pequeña Traviesa.