En 2003 comenzó una relación con su compañera de reparto en Spooks, la actriz Keeley Hawes, con la que se casó el 8 de octubre de 2004. Tienen dos hijos, Maggie nacida en Diciembre de 2004 y Ralph nacido en Septiembre de 2006. Matthew también es padrastro de Myles, nacido en el año 2000, fruto de una unión anterior de Keeley. Se unió a la compañía teatral Cheek by Jowl y debutó en el teatro profesional con La duquesa de Malfi. También ha trabajado con la Royal Shakespeare Company en producciones como El sueño de una noche de verano y La escuela de la murmuración en giras internacionales. En 1998, con la compañía Cheek by Jowl, protagonizó Mucho ruido y pocas nueces junto a Saskia Reeves. Su interpretación de Benedick fue particularmente memorable. Dicha producción llegó estar en cartel en Nueva York en la Brooklyn Academy of Music (BAM). En 1999 fue nominado al prestigioso Premio Ian Charleson de la RSC al Mejor Actor Clásico menor de 30 años. Tras ello empezó a trabajar para la televisión británica en diversas películas. La primera de ellas fue la adaptación televisiva de Emily Bronte Cumbres Borrascosas dirigida por David Skynner. Posteriormente en diversos trabajos para la BBC como Warriors 1999 de Peter Kominsky, por cuyo papel fue nominado a un Premio de la Real Sociedad Televisiva. En 2001 trabajó en The Way We Live Now en 2001 y también en dicho año obtuvo gran aclamación por parte de la crítica por su papel de protagonista en Almost Strangers escrito y dirigido por Stephen Poliakoff. En 2002 participó en el drama de la BBC The Project y ese mismo año lo escogieron como protagonista del la serie Spooks, que se convirtió en un éxito tanto de público como de crítica. Su papel de espía del MI5 llamado Tom Quinn se mantuvo en antena del 2002 al 2004, abandonando la serie en el segundo episodio de la tercera temporada. Dicha serie también fue emitida en Estados Unidos como MI5 y en España con el título de Doble Identidad. Matthey Macfadyen ha aparecido en varias películas, dentro de las que cabe destacar Enigma en 2001 y en el papel de Fitzwilliam Darcy en una muy notable adaptación del libro de Jane Austen Orgullo y Prejuicio estrenada en el Reino Unido en 2005. Hoy en día (2009) se lo puede ver en la miniserie realizada por la BBC, "Little Dorrit", adaptación para televisión del clásico de Charles Dickens, en companía de Tom Courtenay y Bill Paterson. En el 2009 Macfadyen aparecerá junto a la actriz nominada al Premio de la Academia Helena Bonham Carter en la próxima película para la televisión Enid Blyton, basada en la vida real de Enid Blyton, Matthew interpretará a Hugh Pollock, primer esposo y editor de Blyton. En el 2010 Matt aparecerá en la película de Robin Hood, como el Sheriff de Nottingham, y donde compartirá créditos junto a Russell Crowe Cate Blanchett Mark Strongy William Hurt