Su primera interpretación para el cine fue en la película El Bola (Achero Mañas, 2000), papel por el que ganó el Goya al mejor actor revelación. Después de este éxito, le llegarían otros trabajos como El embrujo de Shanghai (Fernando Trueba, 2002) o Planta 4ª (Antonio Mercero, 2003). En un momento dado, deja de lado la interpretación a causa del estrés provocado por el intenso ritmo de vida que implicaba su actividad en el mundo de la interpretación. Trabaja como marmolista, albañil y contable durante unos meses, pero pronto se da cuenta de que lo suyo es estar delante de las cámaras y retorna al cine. En 2005 rueda 7 Vírgenes bajo la dirección de Alberto Rodríguez. La película carece de un guión bien definido, pero su interpretación le vale la Concha de Plata a la mejor actuación masculina en el Festival de Cine de San Sebastián. Con ocasión de esta película, colabora en una grabación musical con el rapero sevillano Haze, aunque sin intención de dedicarse al mundo de la música. En 2006 trabajó con Mateo Gil en Regreso a Moira (un intento de relanzar la serie de televisión española Historias para no dormir) y participó en otras dos películas: Cabeza de perro y Ladrones. Juan José Ballesta es aficionado a la pesca y al ciclismo. En 2004 fue campeón de Full contact de la comunidad autónoma de Madrid, y en 2005, campeón español en la categoría Superpluma. En mayo de 2007, anunció que su novia, Verónica (peluquera de profesión), estaba embarazada y que esperaban a su primer hijo hacia el mes de febrero de 2008. Ha sido agredido en varias ocasiones debido a su popularidad entre las chicas. En una ocasión, le golpearon hasta hacerle perder el conocimiento. El resultado de la paliza fueron un pómulo y dos costillas rotas. En un encuentro digital de Elmundo.es le preguntaron si sería "capaz de hacer un papel de gay y darte besos con otro chico", a lo que él contestó: "Yo respeto las opiniones de todo el mundo. Y el papel de gay no lo haría ni de coña, ni aunque pagaran miles de millones". Esta respuesta le ha valido ser acusado de homófobo e incluso de "limitadito".