La madre de Togo es italiana y de ascendencia irlandesa y su padre es judío, con el apellido original de la familia "Tonkaviev ". Jonathan fue criado en Rockland, Massachussets. De niño asistió a una escuela de hebreo y se graduó de Rockland High School en 1995, cuando él era un luchador. Jonathan Togo asistió al "Proyecto Contemporáneo de Competitividad, el Programa de Estudios Avanzados" (alias PCC ASP www.pccasp.org) como estudiante, luego trabajó como Proctor en 1991 y 1992. Luego asistió a Vassar College, se graduó con una licenciatura en teatro, y promovió sus estudios en el Instituto Nacional de Teatro Eugene O'Neill. Si bien en Vassar actuó en una banda llamada "Los conquistadores El" (originalmente llamado Skabba el Hut) con Sam Endicott y John Conway, ambos de los cuales son ahora miembros de la exitosa banda “The Bravery”. Togo ha realizado y participado en numerosas obras de teatro, entre ellas Our Country’s Good. Aunque él es más famoso por su papel de Ryan Wolfe en CSI: Miami, él tiene otros créditos por haber participado en programas de televisión como en Special Unit 2, así como apariciones en Judging Amy y también como empleado de una tienda en Mystic River.