Jonathan Rhys-Meyers nació con el nombre de Jonathan Michael Francis O'Keeffe en el Condado de Dublín, Irlanda. Su nombre artístico deriva del apellido de soltera de su madre, Meyers. Rhys-Meyers nació con un serio problema del corazón, y fue bautizado poco después de su nacimiento porque temían que no sobreviviera lo suficiente para una ceremonia tradicional de bautismo. Pasó los primeros meses de su vida en un hospital. Un año después de su nacimiento, su familia se mudó al Condado de Cork, donde aún residen. Cuando Rhys-Meyers tenía tres años, su padre abandonó a la familia, dejando a su madre sola con cuatro hijos. Siendo todavía adolescente, conoció a un granjero anglo-irlandés llamado Christopher (a quién él llama afectivamente su "Padre Gay") quien le adoptó y con el que se fue a vivir a Buttevant. Rhys-Meyers fue expulsado del colegio a los 16 años, y pasó mucho tiempo vagando por salas de billar. Agentes de casting que buscaban chicos irlandeses para aparecer en la película "War of the Buttons" vieron a Rhys-Meyers en una sala de billar de Cork y lo invitaron a una audición. Aunque no fue elegido para esta película, los agentes de casting lo animaron para que continuara presentandose a otros castings. De esa forma, su primer papel llegó en la película "Un Hombre Sin Importancia" (1994). Sus papeles en el cine van desde una estrella del Glam rock inspirada en David Bowieen "Velvet Goldmine" (1988) hasta un aplicado entrenador de fútbol para chicas en "Quiero ser como Beckham" (2002). En 2005, Rhys-Meyers actuó en "Match Point", una película de Woody Allen, por la cual recibió un premio en el Festival de Cannes. En 2006, apareció en "Misión: Imposible III". Pronto será visto en la serie "The Tudors" (2007), donde tiene el papel de Enrique VIII, "August Rush" (2006) y "Los Hijos de Huang Shi" (2007). También podría aparecer en la película "Brontë" (2007), y se rumorea su aparición en "Toussaint" (2007). También había rumores de que estaba siendo considerado para el papel de James Bond, como sucesor de Pierce Brosnan Sin embargo, como otros rumores similares que involucraban a Clive Owen, Hugh JackmanOrlando Bloom Ewan McGregor y otros actores, no fue confirmado. Finalmente, el papel fue para Daniel Craig Rhys-Meyers actuó en series como "Gormenhast" (2000) y en la miniserie de cuatro horas de duración llamada "Elvis" (2005), en el papel de Elvis Presley Por este último papel obtuvo una candidatura a los Premios Emmy y ganó el Globo de Oro al mejor actor de miniserie o telefilme. Junto a sus capacidades interpretativas, Rhys-Meyers también ha experimentado como cantante. Interpretó él mismo muchas de las canciones de la película "Velvet Goldmine", aunque algunas de estas canciones fueron reemplazadas en el CD de la banda sonora por otras canciones interpretadas por vocalistas conocidos. Rhys-Meyers también canta en la miniserie para televisión "Los magníficos Ambersons". Con antecedentes en varias campañas de modelo, Jonathan ha sido elegido como la cara de la colección para hombres de Versace de Otoño/Invierno 2006 y Primavera 2007. También es la cara de la nueva fragancia de Hugo Boss.