Pronto comenzó su carrera como modelo publicitaria, impulsada por su madre Debbie, también actriz. Compaginaba estas breves apariciones con su periodo de estudio interpretativo en la escuela Professional Children's School de Manhattan. Su primer papel cinematográfico fue en Bastard out of Caroline (1996), película dirigida por Anjelica Huston, en la que compartió reparto con Jennifer Jason Leigh y Christina Ricci Aunque anteriormente ya participó con pequeños papeles en series televisivas como Tocados por un ángel o Chicago Hope. Sus siguientes trabajos ya demostraban su prometedora carrera. Intervino en Contact (1997) película de Robert Zemeckis. Compartió cartel con Susan Sarandon Julia Robertsy Ed Harrisen Quédate a mi lado (1998) de Chris Columbus y junto a Kevin Costnery Kelly Prestonen Entre el amor y el juego (1999) de Sam Raimi. A lo largo de su carrera en cine, Malone también participó en varios telefilmes, entre ellos Hope (1997), papel que le proporcionó una nominación a los Globos de oro. Según Malone, su madre malgastaba los beneficios que ella ganaba con sus trabajos cinematográficos, y tras ganar un pleito, se emancipó legalmente de su madre, quién hasta entonces gestionaba su carrera. Todo esto ocurrió en enero del año 2000. La joven actriz también ha trabajado en Entre el amor y el juego y The Book of Stars en el año 1999. Posteriormente protagonizó junto a Jake GyllenhaalDonnie Darko (2001) película de Richard Kelly. También en este año rodó La Casa de Mi Vida (Life as a house), junto con Hayden Christensen film dirido por Irwin Winkler. Jena Malone también participó como coproductora de American Girl, una comedia adolescente donde también actuó interpretando a Rena Grubb.