Estudió en el O'Connell Dance Studio en Holland, Ohio y el Margaret O'Brien Modeling Studio. Comenzó actuando en 1999, cuando fue a la Asociación Internacional de Modelaje y Talento (International Modeling and Talent Association). En consecuencia, recibió varios premios por actuar, modelar y bailar (incluyendo el premio a la mejor modelo del año en la convención IMTA). Es hermana del piloto de Ducati, Casey Stoner. En 2002, Stoner se convirtió en la co-anfitriona del show de Disney Channel Mike's Super Short Show, junto con Michael Johnson, un infocomercial sobre futuros estrenos de Disney. Después de entrenar y estudiar coreografía en Los Ángeles, Alyson apareció como bailarina de fondo en el vídeo musical de Missy Elliott"Work It" y "Gossip Folks", así como el vídeo de Eminem"Just Lose It" y en otros como "No Tengo Dinero" de los Kumbia Kings. Bailó en un grupo de baile llamado el JammX Kids entre 2003 y 2006 pero dejó el grupo a principios de 2006 debido a conflictos con el resto del grupo, pero sigue trabajando con cada uno sus antiguos compañeros de grupo en los distintos puestos de trabajo. Fue también una de las bailarinas en Shark Tale. Stoner y una amiga enseñan a niños de 6 a 14 años a bailar en un estudio de baile. En 2003 y 2005, se presenta como uno de los doce niños Baker (Sarah) en las comedias Doce en casa y Doce fuera de casa. También ha aparecido en varios programas televisivos destinados a preadolescentes, incluyendo Zack y Cody: gemelos en acción, Es tan Raven y Drake y Josh. En el 2005 se dijo que Alyson iba a interpretar la versión de la canción "Baby It's You" de JoJo. Actualmente está planeando tomar clases vocales con el fin de centrarse en la transición de su estilo propio "pop-kiddie". En 2006 tuvo un pequeño papel en la película Step Up como la hermana menor de Tyler Gage (Channing Tatum. Stoner será la protagonista de la película Alice, basada en La mejor venta de Alice, serie de Phyllis Reynolds Naylor. También presta su voz a Isabella en la serie de Disney Channel Phineas y Ferb. Continuando con la danza, también da regularmente clases de baile en el Complejo del Milenio de Danza. Stoner fue anfitriona de una cumbre mundial de fans en Amazon.com con la estrella de Hannah Montana, Miley Cyrus Stoner ha terminado de filmar recientemente su última película, Camp Rock, junto con los Jonas Brothers Demi Lovatoy Meaghan Jette Martin. Su próxima película será Ghosttown. Stoner está trabajando en el "Alyson Stoner Project" que ella misma describe como describe como "un baile híbrido, una fusión de muchos estilos de entretenimiento en un solo paquete". Está previsto que se estrene en 2008 y será dirigida por Kevin Schmidt, su compañero de Doce en casa. La sección "Detrás de las escenas" está disponible en sus cuentas de YouTube y MySpace, y el acceso es completamente gratuito. En el verano de 2008, se anunciaron los equipos de los Disney Channel Games y Alyson estará en el equipo azul, el mismo equipo que uno de los Kiely Williams, Shin Koyamada, Cole Sprouse, Roger González, Demi Lovatoy otros. Después de trabajar como modelo infantil profesional en el Margaret O'Brien Modeling Studio, empezó a trabajar como bailarina de hip-hop, y poco después apareció en el videoclip de Missy Elliot "Work It". Para seguir estudiando hip-hop, entró en una academia profesional y se mudó a Los Ángeles, California, para trabajar con coreógrafos como Fatima Robinson, Wade Robson o Hi Hat. En el año 2004 se confirmó que estaba saliendo con Cole Sprouse, pero dieron fin a su relación en el 2007, aunque confirmaron que seguían siendo amigos. Desde entonces, ha sido relacionada sentimentalmente con Taylor Lautner Dylan Sprouse y Nick Jonas.